능주고등학교는 2010학년도 대입 수시 전형에서 서울대 2명, 순천향 의대, 원광대 한의대, KAIST, UNIST 등 명문대에 합격자를 다수 배출하였다.(표 참고) 수시전형보다는 주로 정시전형을 집중적으로 지원해 온 능주고는 2010학년도 대학수학능력시험 성적 분석 결과 작년보다 더 우수한 성적을 거둔 것으로 파악되고 있다.

능주고 진학실에 의하면 수능 고득점을 바탕으로 서울대 정시에 4~5명, 연세대와 고려대 정시에 30~40여명이 지원할 것으로 보여, 수능성적이 결정적인 영향을 미치는 정시전형에서도 좋은 성과를 거둘 것으로 예상된다.

능주고등학교는 2005학년도에 5명을 최고로, 2009학년도에도 4명의 서울대 합격자를 배출하였고, 최근 7년간 화순군 중학교 출신자 중 서울대 20명, 연세대 39명, 고려대 35명, 총 94명의 합격자를 배출하였다.